知识产权海关备案是指知识产权权利人为取得海关知识产权保护而事先就自己需要保护的知识产权向海关进行申请备案的手续。（包含商标权、专利权、著作权等）
    1994年9月,我国开始对知识产权实施边境保护，目前，我国海关已经建立起一套包括报关单证审核、进出口货物检验、对侵权货物的扣留和调查、对违法进出口人进行处罚以及对侵权货物进行处置等环节在内的完善的知识产权执法制度。
    1995年10月，我国首次颁布实施《知识产权海关保护条例》，开始建立符合世界贸易组织规则的知识产权边境保护制度。
    《中华人民共和国知识产权海关保护条例》2004年3月1日起施行，《条例》分总则、知识产权的备案、扣留侵权嫌疑货物的申请及其处理、法律责任、附则共五章三十三条。《条例》指出，知识产权海关保护，是指海关对与进出口货物有关并受中华人民共和国法律、行政法规保护的商标专用权、著作权和与著作权有关的权利、专利权实施的保护。《条例》总则第一条指出，根据《中华人民共和国海关法》，制定本条例。第三条指出，国家禁止侵犯知识产权的货物进出口。 《条例》规定，知识产权权利人可以按照本条例的规定，将其知识产权向海关总署申请备案。知识产权海关保护备案自海关总署准予备案之日起生效，有效期为10年。《条例》规定，知识产权权利人发现侵权货物即将进出口的，可以向货物进出境地海关提出扣留侵权嫌疑货物的申请。被扣留的侵权嫌疑货物，经海关调查后认定侵犯知识产权的，由海关予以没收。《条例》自2004年3月1日起施行。1995年7月5日国务院发布的《中华人民共和国知识产权海关保护条例》同时废止。
    知识产权海关备案保护是指海关为禁止侵犯知识产权的货物进出口，对与进出口货物有关并受中华人民共和国法律、行政法规保护的商标专用权、著作权和与著作权有关的权利、专利权依照国家有关规定实施的保护。
    知识产权权利人也可主动请求海关实施知识产权保护，但应事先向海关提出采取保护措施的申请。
    进口货物的收货人或者其代理人、出口货物的发货人或者其代理人应当按照国家规定，向海关如实申报与进出口货物有关的知识产权状况，并提交有关证明文件。
    海关实施知识产权保护时，有义务保守有关当事人的商业秘密。